Polymorfismen in het geamplificeerde fragment lengte

April 7, 2016 Lola Land P 0 4
FONT SIZE:
fontsize_dec
fontsize_inc

Polymorfismen in het geamplificeerde fragment lengte, beter bekend onder de afkorting AFLP, zijn een soort moleculaire marker is gebaseerd op de beperking van genomisch DNA met restrictie-enzymen en de daaropvolgende amplificatie van sommige van deze fragmenten door reactie polymerase chain. Ze zijn een krachtig hulpmiddel voor genoomanalyse omdat ze een hoog vermogen om de genetische variabiliteit detecteren. AFLP assay combineert de specificiteit, resolutie en bemonstering om de spijsvertering met restrictie-enzymen met de snelheid en het gemak van het opsporen van polymorfismen door PCR zonder voorafgaande informatie genoom studie. De AFLP-techniek is in handen van het Nederlandse biotechnologiebedrijf KeyGene.

Beschrijving

AFLP assay is in wezen vier fasen. In de eerste waarvan het genomische DNA is geknipt of gedigesteerd met twee restrictie-enzymen. Meestal één van hen is zeldzaam snijden, die 6-8 baseparen herkent en een snede vaak herkennen 4 bp. In een tweede stap, het dubbelstrengige DNA-fragmenten van 20 tot 30 baseparen genoemd adapters specifiek aan de uiteinden van de verkregen in de vorige stap, waardoor de matrijs voor daaropvolgende amplificatie van DNA-fragmenten genereren. In een derde trap PCR-fragmenten selectief geamplificeerd. In deze fase zijn ongeveer 20 nucleotiden initiatoren met specifieke sequentie die complementair is aan de sequentie van de adapters ook 1 tot 3 additionele selectieve willekeurige sequentie aan het 3'nucleotides gebruikt. Aangezien slechts een subpopulatie van de originele fragmenten wordt geamplificeerd, wordt een patroon van banden die een goede plaat toe verkregen. Amplificatie in de derde stap beschreven wordt uitgevoerd in twee stappen: een eerste selectieve amplificatie met behulp van een willekeurige nucleotide en vervolgens wordt dit amplificatieproduct verkregen als matrijs in een nieuwe amplificatie met behulp van primers die de vorige twee additionele selectieve nucleotiden. De vierde en laatste fase van de bepaling omvat AFLP analyse geamplificeerde fragment, dat wordt uitgevoerd door elektroforese op denaturerende polyacrylamide gels. Indien één van de initiatoren radioactief gelabeld, autoradiografie wordt weergegeven als een van de primers wordt gemerkt met een fluorescerende verbinding, kan worden opgelost met behulp van een automatische sequencer. Als alternatief kan worden gevisualiseerd door kleuring met zilvernitraat.

Genetische basis

De genetische basis van het polymorfisme waargenomen in de AFLP assays, dat is, wordt de afwezigheid of aanwezigheid van geamplificeerde fragmenten van een gegeven grootte bepaald door puntmutaties, inversies, inserties en deleties die tot verlies of winst van de website beperking of wijziging van of erkend door de initiatiefnemers geamplificeerde sequentie. Zoals met RAPDs, kun je niet heterozygoten onderscheiden, dus het is een dominante marker. Een AFLP band wordt algemeen opgevat als een plaats die door de twee restrictie-enzymen, een combinatie van primers of initiatoren die selectief en het molecuulgewicht omvatten.

Implementatie, voordelen en nadelen

De implementatie van AFLP in een laboratorium test vereist aanzienlijke infrastructuur is het vrij moeilijk te verkrijgen en de kosten is gemiddeld tot hoog. Deze markers hebben een hoog vermogen van detectie van genetische variabiliteit en die tegelijkertijd scant polymorfisme afwezigheid / aanwezigheid van restrictieplaatsen en de aanwezigheid of afwezigheid van amplificatie van willekeurige sequenties.

Het is veel robuuster dan de RAPD-markering als amplificatieoligonucleotiden langere keten toegepast, waarbij de specificiteit van de reactie verhoogt zonder de voordelen van amplificatie van willekeurige sequenties: in feite, de implementatie AFLP assay geen voorafgaande informatie over de genoomsequentie moeten worden geanalyseerd. Ook kan men verschillende restrictie-enzymen en selectieve primers, het genereren van een onbeperkte mogelijkheid van het vinden polymorfismen. Een ander voordeel is het aantal AFLP-fragmenten verkregen door omzetting en gescheiden door elektroforese.

(0)
(0)
Vorige artikel Romeins Missaal
Volgende artikel Communicatie Toren Espoo

Commentaren - 0

Geen reacties

Voeg een Commentaar

smile smile smile smile smile smile smile smile
smile smile smile smile smile smile smile smile
smile smile smile smile smile smile smile smile
smile smile smile smile
Tekens over: 3000
captcha