DNase ik overgevoelig plaats

Een overgevoelig DNase I) plaats is een klein gebied van het chromatine gevoelig voor de werking van het enzym DNase I. In deze specifieke gebieden van het genoom, verliest zijn gecondenseerde chromatinestructuur en bloot DNA, dat wil zeggen toegankelijk gebieden van de chromatine, waardoor de gevoeligheid van DNA verhogen wordt afgebroken door enzymen zoals DNase I. Deze zones zijn aan toegankelijke chromatine transcriptionele activiteit en het is lijden chromatine remodelleren eiwitten die binden DNA nodig zoals transcriptiefactoren.

Aldus, sinds de ontdekking van de DHS 30 jaar zijn gebruikt als markers van deze regulerende DNA, die de basis van de bevinding is allerlei cis-regulerende elementen, waaronder: promotoren, enhancers, isolatoren , geluiddempers en locus controle gebieden.

Massa analyse

De ENCODE project was gericht op een volledig in kaart brengen van het menselijk genoom DHS maken, zodat u kan het menselijk regulerende DNA catalogus.

De DHS markeren transcriptioneel actieve gebieden van het genoom. Deze transcriptionele activiteit heeft een sterke cel selectiviteit. Derhalve zijn 125 verschillende humane celtypes om alle actieve gebieden omvatten die in deze studie. Dus, door de techniek van massa sequentiebepaling DHS profielen van elk celtype werden verkregen. Door het analyseren van de gegevens werden bijna 2,9 miljoen verschillende DHS geïdentificeerd. 34% was specifiek voor een celtype, en slechts een kleine minderheid werd gedetecteerd in alle celtypen. Hij kon ook zien dat slechts 5% van de DHS regio's waren in TSS en de resterende 95% vertegenwoordigen DHS distale spread gelijkmatig tussen intronic en intergenische regio zo. Deze gegevens geven ons een idee van de grote complexiteit van de regulering van genexpressie in het menselijk genoom en het aantal elementen dat deze verordening controleren.

Regelgevende instrument voor DNA-

De studie profielen DHS in combinatie met andere technieken voor gebruik in studies op het reglementaire aspect van menselijk DNA.

  • Transcriptiefactoren: De techniek van ChIP-Seq de DNA-bindingsplaatsen van een bepaalde groep transcriptiefactoren werden bepaald, waarbij werd vergeleken met het profiel van DHS. De resultaten bevestigden hoge mate gecorreleerd, hetgeen aangeeft dat de gecoördineerde binding van bepaalde factoren betrokken bij de renovatie en toegankelijkheid van chromatine.
  • DNA-methylatie: Het is nauw verbonden met cytosine methylatie op CpG eilanden in gene silencing. Dit veroorzaakt methylatie in chromatine omlegging, condenseren en transcriptioneel inactiveren. Het is gezien dat gemethyleerd CpG eilanden binnen het DHS te voorkomen dat de associatie van de transcriptiefactoren met DNA, het remmen van hun toegankelijkheid. Gebleken is dat wanneer kleine hoeveelheid van de transcriptiefactor DNA-sequenties die bindt lijden passief methylering, wat een negatieve regulatie van expressie.
  • Chromatine mark promotor: De posttranslationele modificatie van histon H3 methylatie wordt geassocieerd met transcriptionele activatie. Deze wijziging is gelegen naast nucleosomen in de plaats van de transcriptie initiatie, door een versoepeling van de chromatine structuur. Daarom wordt deze histon modificatie gebruikt als marker van promoters gebruikt catalogus deze elementen in het humane genoom.
  • Interacties promoter / enhancer: Algunoa distale cis-regulerende elementen zoals versterkers, zijn verantwoordelijk voor het moduleren van de activiteit van de promoters. Daarom is de cis-regulerende distale actief gesynchroniseerd met de promotor in die cellijnen die genexpressie actief is. DHS profielen met behulp van correlaties tussen DHS wordt gezocht om dergelijke promoter / versterker interacties te identificeren. Dit leidde tot een kaart van kandidaten enhancers die de expressie van specifieke genen.

De verkregen gegevens werden gevalideerd met technische 5C. Deze techniek is gebaseerd op de fysische associatie tussen de promoter en versterkers, die afbakening van chromatine in contact in de promoter / enhancer interacties. Het bleek dat de meeste promoters zijn gekoppeld aan verschillende enhancer, wijzen op het bestaan ​​van een complex regelgevingsnetwerk voor de meeste genen. Verrassenderwijs werd ook gevonden dat ongeveer de helft van transcriptieverhogerelementen werden geassocieerd met meer dan één promoter. Deze ontdekking toont aan dat de humane cis-regulerende systeem veel complexer dan gedacht aanvankelijk.

Het aantal distale cis-regulerende elementen gekoppeld aan een promoter verschaft een kwantitatieve maat voor de complexiteit van een regulerend gen. Aldus werd vastgesteld dat menselijke genen met hogere DHS distale interacties en dus een meer complexe regelgeving, die overeenkomen met die in verband met immuunsysteemfuncties genen. Dit geeft aan dat omgevingssignalen verwerkt door het immuunsysteem en de grote complexiteit cel direct gecodeerd in de cis-regulerende architectuur van de samenstellende genen.

(0)
(0)
Vorige artikel Episodes
Volgende artikel Aitor Iturrioz

Commentaren - 0

Geen reacties

Voeg een Commentaar

smile smile smile smile smile smile smile smile
smile smile smile smile smile smile smile smile
smile smile smile smile smile smile smile smile
smile smile smile smile
Tekens over: 3000
captcha